A GEAP foi pontuada pela Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS) como uma das melhores operadoras em autogestão com mais de 100 mil beneficiários nos segmentos ambulatoriais, hospitalares e odontológicos. A avaliação aconteceu por meio Programa de Qualificação da Saúde Suplementar - ano base 2009. As notas alcançadas superaram em 40,34% os resultados obtidos em 2008 - ano em que a instituição não ultrapassou a faixa três.
A Fundação foi classificada na faixa quatro (a segunda no Índice de Desempenho da Saúde Suplementar - IDSS) com pontuação geral de 0,69. Os cálculos foram feitos com base nas dimensões Atenção à Saúde (50%), Estrutura e Operação (10%) e Satisfação do Cliente (10%) e divididos em cinco faixas de valores. Em 2009, com base nos resultados dos cálculos comparativos por dimensão, a Fundação apresentou crescimento na ponderação Atenção à Saúde de 49,77%, Estrutura e Operação de 39,82% e Satisfação do Beneficiário de 4,10%.
Segundo o titular da Diretoria de Controle de Qualidade, Flávio Dias de Abreu, para a aquisição da classificação, a instituição adotou diretrizes operacionais com base na metodologia de acompanhamento. A execução e o fluxo de acompanhamento do método mobilizaram diretorias e gerências. O primeiro passo foi identificar as causas dos indicadores não alcançados em 2008. Em seguida, a instauração de ações para sanar as falhas que impulsionaram a não obtenção desses indicadores. Por último, o monitoramento dos indicadores alcançados com foco na superação da pontuação dada pela avaliação.